Завдяки своєму географічному положенню та своєрідній історії формування ландшафтів, які об'єднують цінні природні комплекси лабіринтів рік Прип'яті і Стоходу, тут сформувався і своєрідний рослинний покрив, у якому переважає гідрофільний комплекс рослинності. На цій території зростає більше 550 видів вищих судинних рослин.

Згідно геоботанічного районування України територія НПП "Прип'ять-Стохід" відноситься до Ратнівсько-Любешівського (Верхньоприп'ятського) геоботанічного району Західно поліського округу соснових і дубово-соснових лісів та евтрофних боліт Українського Полісся.

Внаслідок дуже високого рівня обводненості території водна рослинність є провідною у формуванні рослинного покриву. Так, у водах рік Прип'яті і Стоходу частими є угрупування з домінуванням глечиків жовтих. Як правило, в річках моно видовими є зарості куги озерної, у каналах часто домінують рдести, а в заводах - ряски та багатокорінника. На прибережних ділянках формуються зарослі їжачої голівки. Зрідка трапляються зарості рогозу та жабурника. Зустрічається на цій території така гарна рослина, як латаття сніжнобіле.

З лісової рослинності тут переважають соснові та вільхові в перемішку з березою ліси, зрідка трапляються чисті березняки, збереглися також фрагменти грабово-дубових насаджень, а на невеликих підвищеннях навколо чагарникових і трав'яних боліт трапляються похідні дубові ліси.

Чагарникова рослинність парку добре виражена і представлена заростями кущоподібних верб на болотах та зрідка - на безлісих піщаних грядах, серед яких домінантами виступають верби попеляста та пурпурова.

Лучна рослинність зустрічається на перехідних ділянках між лісом та болотом, часто в долинах річок чи навколо озер. Трапляються дрібноосокові луки з перевагою осоки звичайної та перстача гусячого, а на прибережних підвищеннях угрупованням з перевагою щучки дернистої.

Рослинність відкритих трав'яних боліт, що сформувалися на межиріччях та навколо озер, часто представлена високотравними угрупованнями з перевагою очерету, лепешняку великого, очеретянки, суничника сіруватого та участю болотного різнотрав'я, доля якого збільшується із посиленням рівня обводненості ділянок.

На території району серед боліт, лук та лісів зростає 40 видів рослин, що занесені до Червоної книги України: щитолисник звичайний, який ще донедавна вважався взагалі зниклим з території України, альдрованда пухирчаста, сальвінія плаваюча, пальчатокорінники м'ясочервоний, травневий та плямистий, плаун річний, баранець звичайний, лілія лісова, булатка довголистка, зозулені черевички справжні, коручки темночервона та чемерниковидна, гніздівка звичайна, любка зелеквіткова, любка дволиста, осока затінкова та береза низька.

Крім того, тут зустрічаю щитолисник звичайний (Hudrocotule vulgaris L), який ще донедавна вважався взагалі зниклим з території України, альдрованда пухирчаста (Aldrovanda vesiculosa L.), сальвінія плаваюча (Salvinia natans), пальчатокорінники м'ясочервоний (Dactylorhiza incarnate), травневий (Dactylorhiza majalis), та плямистий (Dactylorhiza maculate), плаун річний (Lycopodium annotinum L.), баранець звичайний (Huperzia selago), лілія лісова (Liliaceae), булатка довголиста (Cephalanthera longifolia), зозулині черевички справжні (Cypripedium calceolus L), коручки темночервона (Epipactis atrorubens), болотна та чемерниковидна (Epipactis helleborine), гніздівка звичайна (Neottia nidus-avis), любка зеленоквіткова (Platanthera chlorantha), любка дволиста (Platanthera bifolia), осока затінкова (Carex unbrosa Host), верба Старке (Salix starkeana Willd), рястка Буше та береза низька (Betula humilis Schrank) ться близько 20-ти регіонально рідкісних видів рослин.